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颅内感染可以以多种方式分类，包括病毒感染，细菌感染，真菌感染，螺旋体，寄生虫感染，立克次氏体和壁虱感染以及由病原微生物引起的感染。。
可以根据感染的不同部位进行分类。这是可以归类为脑炎的第二种分类方法，主要用于侵袭脑实质。脑膜炎主要侵袭脑膜，脑膜脑炎是一种侵犯。脑实质和脑膜是并发症的结果。
根据发病时间的不同，可分为急性脑炎和慢性脑炎。
脑炎的分类方法主要包括三种先前的分类方法，它们根据感染的病原微生物学，感染部位和感染时间进行分类。